Piruvat dehidrogenase (E1)

Pada mulanya, piruvat dan tiamina pirofosfat (TPP atau vitamin B1) terikat oleh subunit piruvat dehidrogenase.[1] Cincin tiazolium TPP adalah dalam bentuk zwiterion, dan karbon C2 anionik melakukan serangan nukleofilik pada karbonil piruvat C2 (keton). Hemitioasetal yang terhasil mengalami dekarboksilasi untuk menghasilkan anion asil yang setara. Anion ini menyerang S1 spesies lipoat teroksida yang melekat di residu lisina. Dalam mekanisme seperti SN2 pembuka gelang, S2 disesarkan sebagai gugusan sulfida atau sulfhidril. Keruntuhan hemitioasetal tetrahedron seterusnya mengeluarkan tiazola, membebaskan kofaktor TPP dan menghasilkan tioasetat pada S1 lipoat. Proses bermangkin E1 ialah langkah pengehad kadar keseluruhan kompleks piruvat dehidrogenase.

Dihidrolipoil transasetilase (E2)

Pada ketika ini, kefungsian lipoat-tioester dialihkan ke dalam tapak aktif dihidrolipoil transasetilase (E2),[1] di mana tindak balas transpengasilan memindahkan asetil daripada "lengan berayun" lipoil kepada tiol koenzim A. Ini menghasilkan asetil-KoA yang dibebaskan daripada kompleks enzim dan seterusnya memasuki kitaran asid sitrik. E2 juga boleh dikenali sebagai lipoamida reduktase-transasetilase.

Dihidrolipoil dehidrogenase (E3)

Dihidrolipoat yang masih terikat dengan sisa lisina kompleks berpindah ke tapak aktif dihidrolipoil dehidrogenase (E3),[1] di mana ia mengalami pengoksidaan berperantara flavin, sama seperti di isomerase disulfida. Pertama, FAD mengoksidakan dihidrolipoat kembali kepada keadaan rehat lipoatnya lalu menghasilkan FADH2. Kemudian, kofaktor NAD+ mengoksidakan FADH2 kembali kepada keadaan rehatnya, FAD, menghasilkan NADH dan H.